Місія робить свій внесок в мирне врегулювання придністровського конфлікту шляхом механізму офіційних переговорів (процес врегулювання у форматі «5+2») та пов’язаних з ним робочих груп.

Місія розробляє та підтримує технічні заходи з укріплення довіри між Кишиневом та Тирасполем у галузі транспорту, митного оформлення, ветеринарного та фіто-санітарного контролю та правоохоронної діяльності. Місія завжди виступала за відновлення роботи міжнародних транспортних коридорів, які перетинають територію Придністров’я. Дійсно, у 2012 році пропозиції EUBAM допомогли у відновленні вантажного транспортного сполучення по території Придністров’я, яке не функціонувало протягом шести років. Агнешка Вавжик, Начальник Відділу з придністровського урегулювання, пояснює, які заходи вживає Місія для налагодження партнерських зв’язків між Кишиневом та Тирасполем.

Роль Місії – не просто укріплювати взаємну довіру, але й зберегти її. У 2010 році, після чотирирічної перерви, відновилося пасажирське сполучення між Кишиневом та Одесою по території Придністров’я. Відновлення сполучення було відмічене як позитивний крок у зміцненні контактів між людьми та практичного співробітництва між двома берегами Дністра. Через п’ять років низькій пасажиропотік поставив під загрозу життєздатність маршруту, частота руху скоротилась до 2 рейсів на тиждень. За результатами оцінювання, яке було проведено під егідою Місії в червні 2016 року, було досягнуто угоди, які скорочують час руху та підвищують привабливість цього варіанту сполучення для тих, хто перетинає кордон. Було скасовано шість зайвих зупинок, а в грудні 2016 року Митна служба Молдови розпочала контроль на залізничній станції «Кишинів». Тирасполь також значно, з 25 до 3 хвилин, скоротив час стоянки на станції «Бендер». Ці зміни покращили сервіс – час поїздки скоротився на 45 хвилин, а пасажиропотік збільшився до 90%. Збільшились також надходження до бюджету Молдавської митниці.

Місія також бере активну участь у моніторингу придністровського сегменту кордону між Україною та Молдовою, довжиною 453 км, а також адміністративної лінії розмежування, довжиною 411 км на території Республіки Молдова. Польові офіси EUBAM в Кишиневі, Кучурганах та Подільску щоденно присутні но кордоні та на адміністративної лінії розмежування та допомагають забезпечити:

 Дотримання прав людей, які перетинають придністровський сегмент молдавсько-українського кордону
 Вільне переміщення людей та товарів через адміністративну лінію розмежування та придністровський сегмент кордону з Україною
 Рішення транскордонних питань та питань вздовж адміністративної лінії розмежування, якщо такі виникають